<div dir="ltr">Wow very great, thanks for sharing.<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Apr 11, 2018 at 11:17 PM Roel Janssen <<a href="mailto:roel@gnu.org">roel@gnu.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Ricardo Wurmus <<a href="mailto:rekado@elephly.net" target="_blank">rekado@elephly.net</a>> writes:<br>
<br>
> Hey all,<br>
><br>
> I’m happy to announce that the group I’m working with has released a<br>
> preprint of a paper on reproducibility with the title:<br>
><br>
>     Reproducible genomics analysis pipelines with GNU Guix<br>
>     <a href="https://www.biorxiv.org/content/early/2018/04/11/298653" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.biorxiv.org/content/early/2018/04/11/298653</a><br>
><br>
> We built a collection of bioinformatics pipelines and packaged them with<br>
> GNU Guix, and then looked at the degree to which the software achieves<br>
> bit-reproducibility (spoiler: ~98%), analysed sources of non-determinism<br>
> (e.g. time stamps), discussed experimental reproducibility at runtime<br>
> (e.g. random number generators, kernel+glibc interface, etc) and<br>
> commented on the idea of using “containers” (or application bundles)<br>
> instead.<br>
><br>
> The middle section is a bit heavy on genomics to showcase the features<br>
> of the pipelines, but I think the introduction and the<br>
> discussion/conclusion may be of general interest.<br>
<br>
This looks really great!  I also like how you leverage GNU Autotools.<br>
<br>
Finally there is a paper that uses GNU Guix as deployment tool for<br>
scientific purposes. :)<br>
<br>
Kind regards,<br>
Roel Janssen<br>
<br>
</blockquote></div>